Cumhurbaşkanı Erdoğan’ın, paralel yapıya yönelik "Cumhurbaşkanlığı’na da girmişlerdi. Onlar üzerinde de çalışıyoruz” demişti. Cumhuriyet Gazetesi'nde iddia edilen habere göre, Gül’ün ekibinden, “Erdoğan cumhurbaşkanı olunca biz ve Sezer döneminden kalan personelin tamamını temizlediler. Eğer sızıntı varsa kendi dönemlerinde olmuştur” tepkisi geldiği ve Gül’ün yakın çevresini rahatsız ettiği iddia edildi.