Hüseyin Akay’ın göreve getirdiği, daha önceki Genel Müdürü Levent Benli, Genel Müdür Yardımcısı Mehmet Özoğul ve Boğazlıyan Entegre Tesisi Müdürü Bilal Karaköse, FETÖ den tutuklanmıştı.
5 ağustos 2016 tarihinde, Boğazlıyan Cumhuriyet Başsavcılığı Kayseri şeker fabrikasına yönelik aralarında Hüseyin Akay’ında olduğu 16 kişiye soruşturma başlatmıştı. 5 Ağustos 2016 tarihinde operasyonla 6 kişi göz altına alındı. Bu göz altına alınan şahıslardan Kayseri şeker fabrikası Genel Müdürü Levent Benli, Genel Müdür Yardımcısı Mehmet Özoğul ve Boğazlıyan Entegre Tesisi Müdürü Bilal Karaköse, tutuklanmıştı.
Kayseri şeker fabrikasına 28 Eylül 2020 tarihinde, 2. FETÖ operasyonu yapıldı. Bu operasyonda da 22 kişi gözaltına alındı. Yargılamaların birçoğu tamamlandı. Yöneticiler tek tek FETÖ den ceza almaya başladı.
Bu gün görülen FETÖ davasında, Kayseri şeker fabrikası, Genel Müdürü Osman Canıtez’e Mahkeme heyetince, FETÖ üyeliğinden 6 yıl 3 ay hapis cezası verildi.
Sanıklara, Kayseri Şeker Fabrikası'nın entegre tesislerinde usulsüzlük yaptığı ve himmet adı altında para toplayarak, FETÖ´ye sistematik şekilde finansman sağladığı gibi suçlamalar yönetildi.
